在 AI 與計(jì)算生物學(xué)快速發(fā)展的推動(dòng)下，蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)能力正以未有的速度提升。然而，一個(gè)現(xiàn)實(shí)瓶頸也愈發(fā)凸顯：設(shè)計(jì)越來越快，但實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證仍然偏慢。

如何在海量候選序列中快速識(shí)別真正具有功能潛力的分子，正在成為蛋白工程領(lǐng)域新的關(guān)鍵挑戰(zhàn)。

近期發(fā)表于 Protein Science 的綜述《Applications of cell-free protein synthesis in protein design》系統(tǒng)梳理了無細(xì)胞蛋白合成（CFPS）在蛋白設(shè)計(jì)流程中的角色。文章指出：CFPS 正成為連接計(jì)算設(shè)計(jì)與功能驗(yàn)證之間的重要加速層。

現(xiàn)代蛋白設(shè)計(jì)流程通常包括：計(jì)算生成候選序列-初步篩選-實(shí)驗(yàn)表達(dá)驗(yàn)證-功能評(píng)估。

隨著生成式模型和結(jié)構(gòu)預(yù)測工具（如 AlphaFold）不斷成熟，前端設(shè)計(jì)效率已大幅提升。但作者指出，真正決定項(xiàng)目成敗的仍然是：蛋白是否具備預(yù)期功能。

這使得中間的表達(dá)與功能驗(yàn)證環(huán)節(jié)，成為限制整體研發(fā)效率的關(guān)鍵因素。

文章提出一個(gè)非常重要的觀點(diǎn)：CFPS 不只是表達(dá)工具，而是設(shè)計(jì)閉環(huán)中的功能篩選引擎。在典型工作流中，CFPS 位于計(jì)算設(shè)計(jì)之后、細(xì)胞驗(yàn)證之前，承擔(dān)“快速功能預(yù)篩"的角色。

因?yàn)?CFPS 具備幾個(gè)天然優(yōu)勢：周期短、體系開放、可表達(dá)毒性蛋白。

CFPS 即可支持幾十到幾百個(gè)設(shè)計(jì)的中通量篩選，正好匹配當(dāng)前 AI 設(shè)計(jì)的輸出規(guī)模。

圖1：現(xiàn)代蛋白設(shè)計(jì)工作流程示意

圖2：CFPS不同應(yīng)用場景

文章中一個(gè)容易被忽視但非常重要的觀點(diǎn)是：CFPS 有助于拆解蛋白設(shè)計(jì)失敗的具體環(huán)節(jié)。

在細(xì)胞體系中，失敗往往真難找到真正的原因；而在無細(xì)胞開放環(huán)境中，研究者可以逐步判斷問題來源，例如：轉(zhuǎn)錄是否受限、翻譯是否充分、蛋白是否可溶、折疊是否正確，這種可診斷性，使 CFPS 在早期研發(fā)階段具有獨(dú)特優(yōu)勢。

隨著蛋白設(shè)計(jì)進(jìn)入高通量時(shí)代，行業(yè)對驗(yàn)證平臺(tái)的要求也在變化。文獻(xiàn)整體傳遞出一個(gè)清晰趨勢：CFPS 正從可選工具走向關(guān)鍵基礎(chǔ)設(shè)施。

在這一背景下，國內(nèi)無細(xì)胞技術(shù)平臺(tái)也在持續(xù)進(jìn)化，通過提升表達(dá)穩(wěn)定性、體系兼容性與應(yīng)用通量，使 CFPS 更好地服務(wù)于抗體開發(fā)、酶工程、合成生物學(xué)等多類場景。